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如果银行卡不再使用，但收到了短信通知要扣费，可以采取以下措施。
1、确认短信来源：确认短信是否确实来自银行，避免诈骗信息。
2、查明扣费原因：了解是因为何种服务产生的费用，例如短信通知服务费、年费或其他费用。
3、办理注销业务：如果确认银行卡已经无用，建议前往银行办理注销业务，避免后续产生更多费用，在办理时，可以询问工作人员该卡是否有未完成的扣费项目，以及如何取消这些项目。
4、咨询客服：如果无法立即前往银行，可以拨打银行的客服电话，向客服人员说明情况，并按照指示进行操作。
5、取消短信通知服务：如果不需要短信通知服务，可以联系银行客服或前往银行办理取消该服务的手续。
在处理过程中要确保个人信息和资金安全，避免泄露个人信息或进行不当操作，如果涉及到费用问题，最好前往银行柜台或官方渠道进行咨询和处理。